别离提纯某一种蛋白质时，首要要把蛋白质从安排或细胞中开释开来并坚持本来的天然状况，不损失活性。所以要采取了恰当的办法将安排和细胞破碎。这种办法是运用机械力的剪切效果，使细胞破碎。常用设备有，高速安排捣碎机、匀浆器、研钵等。生物安排经冻住后，细胞内液结冰胀大而使细胞胀破。这种办法简略便利，但要留意那些对气温改变灵敏的蛋白质不宜选用此法。一般挑选恰当的缓冲液溶剂把蛋白质提取出来。抽提所用缓冲液的pH、离子强度、组成成分等条件的挑选应依据欲制备的蛋白质的性质而定。如膜蛋白的抽提，抽提缓冲液中一般要参加外表活性剂(十二烷基磺酸钠、tritonX-100 等)，使膜结构损坏，利于蛋白质与膜别离。在抽提过程中，应留意温度，避免剧烈拌和等，以避免蛋白质的变性。选用恰当的办法将所要的蛋白质与其它杂蛋白别离开来。较为便利的有用办法是依据蛋白质溶解度的差异进行的别离。常用的有下列几种办法：不同蛋白质盐析所需求的盐饱和度不同，所以可通过调理盐浓度将意图蛋白沉积分出。被盐析沉积下来的蛋白质仍坚持其天然性质，并能再度溶解而不变性。中性有机溶剂如乙醇、丙酮，它们的介电常数比水低。能使大多数球状蛋白质在水溶液中的溶解度下降，从而从溶液中沉积出来，因而可用来沉积蛋白质。此外，有机溶剂会损坏蛋白质外表的水化层，促进蛋白质分子变得不稳定而分出。因为有机溶剂会使蛋白质变性，运用该法时，要留意在低温下操作，挑选正真合适的有机溶剂浓度。